Peiper était à la tête de la division Leibstandarte Adolf Hitler, 1ere division Panzer SS. Il fit ses preuves à l'Est quand l'armée allemande entra à Kharkov. Lui et son bataillon de Panzer grenadier soulagea Kurt Meyer et son groupe de reconnaissance. Ensembles, ils balayèrent la résistance russe du secteur. Ses hommes atteignirent Belgorod le 18 mars 1943.

Nous le retrouvons plus tard en 1944, dans les Ardennes où il dirige un puissant assaut mais il est ralenti par le manque de carburant. Néanmoins, il capturera Stavelot le 23 décembre 1944. À sec et presque à cours de carburant et de munitions, il doit retraiter avec ses 1,000 hommes restants vers les lignes allemandes. Il sera de la défense de la ville de Vienne en mars 1945. Avec 25 chars, il réussira à détruire 125 chars Stalin II sans subir aucune perte !

Lors de son dernier combat, il eut à défendre Prague pour ensuite se tourner contre la 3^e armée de Patton. Après le suicide de Hitler, la LSSAH se rendit aux américains mais Peiper continua son chemin, armé, pour rejoindre sa famille. Il fut arrêté à 12 miles de son but.